Figlio dell'Imperatore Carlo V e di Isabella del Portogallo, nacque a Valladolid, in Spagna, nel 1527, e morì a El Escorial (Madrid) nel 1598. Ricevette dal padre il ducato di Milano (1540), i regni di Napoli e Sicilia (1554) e i Paesi Bassi (1555).
Nel 1543 Filippo sposò la cugina Maria Emanuela del Portogallo che gli diede un figlio, Don Carlos di Spagna (1545-1568). Rimasto vedovo nel 1545, strinse un'alleanza con l'Inghilterra sposando la cattolica Regina Maria I d'Inghilterra, della casata Tudor, che morì nel 1558 senza dargli figli.
Il 16 gennaio 1556, Filippo salì al trono di Spagna per abdicazione del padre, quando la Spagna era al culmine della potenza. Subito dopo la sua ascesa al trono, le truppe spagnole riportarono sui francesi le due vittorie di San Quintino (1557) e Gravedines (1558), che permisero di concludere con il trattato di Cateau-Cambrésis (1559) la lunga guerra fra gli Asburgo e la Francia: alla Spagna vennero riconosciuti numerosi territori italiani che le assicurarono il predominio nella penisola.
Fece parte del processo di pace il terzo matrimonio di Filippo con la principessa Elisabetta di Valois, figlia di Enrico II di Francia. Elisabetta diede alla luce solo due figlie femmine. La sua quarta moglie, Anna d'Austria, figlia di Massimiliano II, gli diede infine un erede, Filippo III (1578).
Nel 1570, dopo la conquista da parte dei Turchi dell'isola veneziana di Cipro, il Papa e l'Europa cristiana sollecitarono Filippo a fermare l'avanzata ottomana. Filippo formò una Lega Santa per contrastare il potere navale sul Mediterraneo dell'Impero ottomano. La Lega sconfisse duramente i Turchi nella battaglia di Lepanto, combattuta il 7 ottobre 1571. Nel 1580 Filippo conquistò anche il Portogallo e unì i due regni. L'aggravarsi della guerra nelle Fiandre insorte e il fallimento delle ripetute offerte di alleanza rivolte a Elisabetta I d'Inghilterra spinsero il sovrano ad allestire una potente flotta per invadere l'isola. Nel 1588 l'Invincibile Armata sfidò la flotta inglese ma subì una grave sconfitta che segnò l'inizio del declino della potenza spagnola.